So wie die Harnblase kann auch der Magen-Darm-Kanal bei einer MS Funktionsstörungen zeigen, was in der Fachsprache entsprechend als » neurogene Darmstörungen « bezeichnet wird. Schon zu Beginn einer MS klagt etwa jeder fünfte Betroffene über Darmentleerungsstörungen und im Verlauf ist dies bei bis zu zwei Drittel der Fall, meist in Verbindung mit Blasenentleerungsstörungen. Am häufigsten wird überVerstopfung und Stuhlinkontinenz mit unwillkürlichem Stuhlabgang geklagt; Verstopfung und Inkontinenz können auch gemeinsam auftreten. Bei einer Untersuchung von 280 unausgewählten MS-Betroffenen zeigte sich, dass bei 43 Prozent eine Obstipation (Verstopfung) und bei sogar 51 Prozent eine Stuhlinkontinenz (Störung des willkürlichen Stuhlgangs) vorlag und insgesamt zwei von drei Betroffenen darüber klagten. Selbst bei nur geringer sonstiger Behinderung klagten 20 bis 25 Prozent darüber.
Die neurologischen Ursachen von Darmentleerungsstörungen sind noch weitgehend unbekannt. Man geht davon aus, dass es in der so genannten Brücke im Hirnstamm ebenso wie für die Blasenentleerung ein zentrales Kontrollzentrum gibt, das seinerseits sowohl von der Hirnrinde als auch vom Rückenmark beeinflusst wird.
Als mögliche Ursachen einer Verstopfung werden eine verlangsamte Passage im Dickdarm., eine Funktionsstörung des Rektums (Enddarms) und Einstülpungen der Gedärme diskutiert, als Grundlage einer Inkontinenz neben einer fehlenden oder gestörten Wahrnehmung des Füllungs zustands des Darms unter anderem auch eine gestörte willkürliche Muskelkontrolle der Beckenbodenmuskulatur. Zu einer Verstopfung können auch eine allgemeine Muskelschwäche, Bewegungsmangel und die Nebenwirkungen mancher Medikamente beitragen