La SEP n’est pas une maladie héréditaire en soi, n’étant apparemment pas transmise par les parents.

Environ un cinquième des personnes souffrant de cette affection ont un lien de parenté avec une autre personne atteinte ou qui a été atteinte par cette maladie.
Même si aujourd’hui on ne sait toujours pas quels chromosomes ou quels gènes interviennent dans cette affection, plusieurs arguments plaident en faveur d’une influence héréditaire. On avance la notion de gènes de susceptibilité, qui reposent sur la liaison entre SEP et système HLA (complexe majeur d’histocompatibilité). Des études nombreuses ont montré chez les patients atteints de SEP une surreprésentation (une présentation excessive par rapport aux témoins comparables) des allèles A3, B7 et DRW15. Les liaisons avec ce système HLA sont retrouvées partout, mais les allèles sous-représentés ne sont pas partout les mêmes. Inversement, on retrouve certains allèles (DR1, DR4, DR9, DR12, DR13, DR14) plus rarement chez les personnes atteintes de SEP que chez les sujets témoins.

Si la présence de certains allèles du système HLA est responsable de (ou associée à) une susceptibilité plus grande de la SEP, ce facteur génétique n’est sûrement pas le seul (ni même possiblement le plus important). D’autres polymorphismes génétiques sont étudiés (immunoglobuline, récepteurs des cellules T, protéines de la myéline) et n’ont pas abouti pour l’instant à débrouiller la transmission certainement multigénique de la susceptibilité.

La maladie présente 30% de concordance chez les vrais jumeaux, “génétiquement” identiques, contre seulement 5% chez les faux jumeaux (qui ont la moitié des gènes en commun). Ce dernier taux est semblable à celui observé chez les frères et sœurs ainsi que chez les enfants de sujets atteints de SEP. Ce risque (5%) reste cependant relativement faible. Certaines études laissent par ailleurs supposer que, chez les enfants, ce risque héréditaire intéresserait seulement les filles.

Il a également été démontré que si les sujets atteints de SEP au sein d’une même famille présentent généralement des différences en début de maladie, elles tendent à se rapprocher au cours de l’évolution. Notons que lorsque plusieurs membres d’une même famille sont touchés par l’affection, il faut également penser qu’ils partagent en général le même environnement ou un environnement similaire. Lorsque l’on tente de comparer la susceptibilité héréditaire et l’influence environnementale, il est donc bien difficile de faire la part des choses. Les études menées sur les enfants adoptés et les demi-frères et sœurs laissent cependant penser que les facteurs génétiques sont plus importants que l’influence de l’environnement.